Bioinformatikų kursinių darbų temos 2019 m.



Siūlome temų sąrašą. Prašome pasirinkti temą kursiniam darbui.

Pasirinkę parašykite.


   

Baltymų erdvinių struktūrų analizės metodų kūrimas

Darbo tikslas - susipažinti su pagrindiniais biologinių makromolekulių erdvinių (3D) struktūrų analizės metodais bei prisidėti kuriant naujus metodus, t.y. naują programinę įrangą. Konkreti užduotis bus individualiai derinama su studentu. Susidomėję rašykite adresu kliment@ibt.lt
Kliment Olechnovič    2019 01 21

RNR virusų baltymų sekų profilių tinklalapio kūrimas

Yra sukurta RNR virusų sekų profilių duomenų bazė, kuri sėkmingai buvo panaudota aprašant naujai nuskaitytus RNR virusus ir tiriant jų evoliuciją (Y. Wolf, D. Kazlauskas et al., 2018). Platesniam minėtos duomenų bazės panaudojimui reikia sukurti internetinę svetainę, kurioje būtų pateikta išsami informacija apie baltymų profilius, su galimybe juos parsisiųsti. Kandidatai turi turėti tinklalapių kūrimo įgūdžių. Daugiau info: darius.kazlauskas@bti.vu.lt
Darius Kazlauskas    2019 01 22

Eksperimentiškai nustatytų baltymų sąveikų duomenų bazė

Baltymai dažnai sąveikauja vieni su kitais, atlikdami savo funkcijas ląstelėse. Šios sąveikos yra nustatomos įvairiais eksperimentiniais metodais, kurių rezultatai yra kaupiami įvairiose prieinamose duomenų bazėse (pvz., BioGRID, IntAct ir kt.). Vėliau skirtingose DB esantys duomenys yra integruojami, kuriant išvestines duomenų bazes, pvz., iRefWeb, Interactome3D ir pan. Deja, dauguma išvestinių duomenų bazių turi įvairių trūkumų. Šiame darbe siūloma sukurti dar vieną išvestinę baltymų sąveikų eksperimentinių duomenų bazę, remiantis anksčiau publikuotais baltymų sąveikų vertinimo kriterijais. Sutvarkius šiuos duomenis, vėliau būtų galima sukurti patogią vartotojo sąsają, kuri padėtų baltymus tiriantiems mokslininkams paprasčiau rasti ankstesnių eksperimentų duomenis apie jų sąveikas su kitais baltymais. Kontaktinis adresas: justas.dapkunas@bti.vu.lt
Justas Dapkūnas    2019 01 22

Temų sąrašas

Mano siūlomų temų sąrašas yra čia: >>>>>>>
Irus Grinis    2019 01 23

Cirkadinės transkriptomikos tyrimai ir juose naudojami algoritmai

Darbo tikslas - susipažinti su cirkadinės transkriptomikos eksperimentų analize, joje naudojamais algoritmais ir metodika. Darbo metu studentui reikės įvertinti esamų algoritmų pritaikomumą ir patikimumą, savarankiškai atlikti išsamią duomenų analizės užduotį ir pateikti jos rezultatus biologiniame kontekste. Kontaktinis adresas: algimantas.krisciunas@mii.vu.lt
Algimantas Kriščiūnas    2019 01 30

CIF sintaksinio analizatoriaus išplėtimas C bei Python kalboms

Crystallographic Information File (CIF) formatas yra plačiai naudojamas kristalografijos, cheminformatikos srityse bei už jų ribų. Tačiau didelė programinės įrangos dalis palaiko nepilną CIF formato standartą, dėl ko gali kilti įvairios failų įskaitymo klaidos (Merkys et al. 2015). „codcif“ – bendro pobūdžio CIF formato analizatorius/konstruktorius (angl. reader/writer), sukurtas su tikslu pilnai palaikyti CIF standartą. Šio kursinio darbo tikslas – išplėsti „codcif“ palaikymą C ir Python programavimo kalboms. Pageidautinos C programavimo kalbos žinios.
Andrius Merkys    2019 01 31

Atomų atstumų kristaluose tyrimai

Tarpatominiai atstumai kristaluose yra labai artimai susiję su jų sąveika. Itin populiarus metodas tarpatominėms jungtims kristaluose nustatyti remiasi atomų kovalentinių atstumų lentele, nustatyta 1979 metais (Allen et al., 1979) ir dešimtmečių eigoje nežymiai modifikuota specialistų (CCDC, 2008). Šio kursinio darbo tikslas – pamėginti išvesti kovalentinių atstumų lentelę iš Crystallography Open Database esančių kristalų struktūrų aprašymų panaudojant kristalo dalinimą Voronojaus narveliais.
Andrius Merkys    2019 01 31

Senėjimo tyrimai lytinių ląstelių metilinimo duomenyse

"Horvatho laikrodis" gana tiksliai nustatyto žmogaus astrologinį amžių remiantis ~300-ų citozinų metilinimu. Tačiau šis metodas neveikia amžiaus nustatymui naudojant lytines ląsteles. Darbo tikslas - ištirti esamų amžiaus nustatymo metodų tikslumą viešai prieinamų lytinių ląstelių duomenyse. Taip pat pabandyti sukurti naują amžiaus nustatymo modelį kuris veiktų lytinėse ląstelėse. Darbui numatoma naudoti R programavimo kalbą. Modelio kūrimui - įvairius regulerizuotus tiesinius ("lasso", "elastic net"), atsitiktinio miško ("random forest") ir kitus regresijos metodus.
Karolis Koncevičius    2019 02 05

Daugiamačių biomedicinos duomenų atvaizdavimo metodai

Darbo tikslas - susipažinti su esamais daugiamačių duomenų atvaizdavimo metodais ("scatter plot", "heatmap", "box-plot" "violin-plot", "t-SNE", "dendrograms" ir k.t.), pritaikyti juos apžvalginei pasirinktų duomenų analizei, bei pasiūlyti savo paties sukurtą (arba modifiktuotą) daugiamačių duomenų pavaizdavimo būdą. Planuojama darbui naudoti R programavimo kalbą.
Karolis Koncevičius    2019 02 05


   

Temų pasirinkimai


   
I.Grinis- Bioinformatikos įvadas mokiniams
Ernesta Petraitytė     2019 01 26
Vaizdų apdorojimas ir jo taikymai biologijoje ir medicinoje (I. Grinis)
Goda Norvaišaitė    2019 01 26
Irus Grinis. 3.Vaizdų apdorojimas ir jo taikymai biologijoje ir medicinoje
Rolanda Raudytė    2019 01 26
I.Grinis. 2.Gilusis mokymas ir jo taikymai.
Alanas Kučinskij    2019 01 26
Irus Grinis 4. Sintetinės biologijos modeliai
Dominika Barilovič    2019 01 26
Irus Grinis 4. Sintetinės biologijos modeliai
Gabrielė Anužytė    2019 01 27
Irus Grinis 5. Sistemos mokymosi algoritmai bioinformatikoje
Dovydas Šimkus    2019 01 27
Cirkadinės transkriptomikos tyrimai ir juose naudojami algoritmai (Algimantas Kriščiūnas)
Tadas Bareikis    2019 01 30

Patvirtinti temų pasirinkimai:
_________________________________
1) I.Grinis- Bioinformatikos įvadas mokiniams
Ernesta Petraitytė 2019 01 26
2) Vaizdų apdorojimas ir jo taikymai biologijoje ir medicinoje (I. Grinis)
Goda Norvaišaitė 2019 01 26
3) Irus Grinis. 3.Vaizdų apdorojimas ir jo taikymai biologijoje ir medicinoje
Rolanda Raudytė 2019 01 26
4) I.Grinis. 2.Gilusis mokymas ir jo taikymai.
Alanas Kučinskij 2019 01 26
5) Irus Grinis 4. Sintetinės biologijos modeliai
Dominika Barilovič 2019 01 26
6) Irus Grinis 4. Sintetinės biologijos modeliai
Gabrielė Anužytė 2019 01 27
7) Irus Grinis 5. Sistemos mokymosi algoritmai bioinformatikoje
Dovydas Šimkus 2019 01 27
8) Cirkadinės transkriptomikos tyrimai ir juose naudojami algoritmai (Algimantas Kriščiūnas)
Tadas Bareikis 2019 01 30
____________________________________________
Kitus studentus raginu rinktis kitų dėstytojų dar nepasirinktas temas.
Vilius Stakėnas    2019 02 06
Darius Kazlauskas. RNR virusų baltymų sekų profilių tinklalapio kūrimas
Domantas Mincė    2019 02 07
Darius Kazlauskas. RNR virusų baltymų sekų profilių tinklalapio kūrimas
Domantas Mincė    2019 02 07
Daugiamačių biomedicinos duomenų atvaizdavimo metodai, Karolis Koncevičius
Ignas Račinskas    2019 02 07
Karolis Koncevičius. Daugiamačių biomedicinos duomenų atvaizdavimo metodai.
Artūras Tarasenka    2019 02 07
Karolis Koncevičius. Senėjimo tyrimai lytinių ląstelių metilinimo duomenyse.
Arnas Ragažinskas    2019 02 21

    2019 02 23

    2019 03 01

    2019 03 06
Gintautas Bareikis. Veido atpažinimas naudojantis Local binary patterns algoritmu.
Gražvydas Kvartūnas    2019 03 27

    2019 03 27

    2019 04 21

    2019 05 13

   

Rašyti:

Vardas, pavardė:

Renkuosi: